1998年
3月
全国不登校新聞社設立
4月
創刊準備号発刊
『不登校新聞』創刊記者会見
全国のマスコミが取り上げた。
5月 創刊号発刊
創刊記念集会を東京、名古屋、大阪で開催
8月
参議院選挙で各政党に不登校政策アンケート
10月
秋の集いを東京で開催（講師・俵萠子さ ん）
全国の通信局が一同に会し、通信局会議を開催
1999年
2月
はじめての読者会を東京で開催
4月
東京都知事選で、各候補に不登校政策アンケート
5月
創刊1周年記念集会を東京で開催（講師に大田堯さん）
6月
全国不登校新聞社、ＮＰＯ法人に認証。ＮＰＯ初の新聞社に
7月
インターネットを使って、子どもチャットを開催。以後、月１回、各地から子どもが参加。
9月
ブックレット『不登校Q＆A・親の気持ち子どもの気持ち』を刊行
10月
紙面編集をフルデジタル化
チャット参加メンバーで、初の子どもオフ会を東京編集局で開催。10数名が参加。
11月
秋の集いを名古屋で開催（講師に渡辺位さん）
2000年
1月
新年号で、初のフルカラー紙面
3月
韓国「代案教育」の現状を現地取材
4月
2周年記念集会を山口県で開催
5月
大阪支局を大阪編集局に。
子どもオフ会を大阪で開催。10数名が参加。
7月
ＩＤＥＣ世界フリースクール大会が日本で開催され、本紙では密着取材し、号外速報を毎日発刊。
衆院選で各党に不登校政策アンケート
10月
メーリングリストを開設。
読者間の新たな交流の場に。
11月
秋の集いを長野県で開催（講師に渡辺位さ ん）
2001年
2月
町村信孝文部大臣が「不登校は自由のはきちがえ」と発言。全国不登校新聞社では、緊急集会を開催。
3月
韓国再訪問
5月
本紙が「つくる会」教科書の誤述問題を指摘
義務教育を中学生の義務と誤述
有識者にアンケート実施
創刊3周年記念集会を大阪で開催
（講師に羽仁未央さん、内田良子さん）
8月
登校拒否を考える夏の全国合宿で、本紙メーリングリスト参加者らで、オフ会を開催。
10月
ペルー訪問・児童労働の現状を取材
2002年
2月
『この人が語る「不登校」』出版
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